Die oben beschriebenen Prinzipien treten in der praktischen Anwendung nicht als getrennte Phänomene auf, sondern sind auf vielfältige Art miteinander verknüpft. So bilden zum Beispiel die durch Zonierung optimierten Randzonen selbstorganisierende Muster aus, die wiederum mit anderen Elementen des Systems in nutzbringende Interaktion treten können. Im Folgenden sollen hier einige Designprinzipien erläutert werden, um die damit verbundenen Ideen zu verdeutlichen.

Eine der oben beschriebenen Möglichkeiten, mit Permakultur zu planen, ist die Zonierung. Sie dient unter anderem der Energieeffizienz, zum Beispiel der Optimierung von zurückzulegenden Wegen. Für eine Selbstversorger-Landwirtschaft könnte eine Zonierung zum Beispiel so aussehen:

Dieses Zonensystem ist als Hilfsmittel anzusehen. Es handelt sich hierbei nicht um harte Grenzen. Auch die Zonierung als solche ist den Erfordernissen eines Systems frei anpassbar und folgt keinem starren Konzept. Üblicherweise werden jedoch, wie oben dargestellt fünf Zonen verwendet, oft erweitert durch eine sogenannte Zone 0. Sie ist eher philosophischer Natur und ermöglicht es dem Betrachter einer solchen Zonierung sich selbst zum Objekt seiner Betrachtungen zu machen.

Unter Randzone versteht man den Übergangsbereich zwischen verschiedenen Elementen eines Systems. Sie sind die Bereiche von Wechselwirkung (Beziehung und Austausch) zwischen den einzelnen Systemkomponenten. Je nach gewünschtem Effekt kann es also sinnvoll sein, Randzonen zu vergrößern oder entsprechend zu verkleinern, um so die aktive Fläche zu verändern.

Ein klassisches Beispiel für die unterschiedliche Nutzung dieses Randzonen-Effekts ist ein Laubbaum:

• Im Sommer vergrößern die Blätter des Baumes seine Oberfläche in Bezug auf sein Volumen und so auch die für die Photosynthese zur Verfügung stehende aktive Fläche, um ein Vielfaches.
• Im Winter verringert das fehlende Laub die Oberfläche so stark, dass der Baum ohne zu erfrieren eine gewisse Kälteperiode übersteht.

Die energetischen Vorteile des aus der großen bzw. kleinen aktiven Fläche resultierenden Randzonen-Effekts sind offensichtlich so groß, dass sie den Nachteil der jährlichen Neubildung des Blattwerkes überwiegen.

Analog dazu kann man den besonders produktiven Saum einer Nutzhecke nicht einfach gerade, sondern in geschwungenen Linien anlegen. So wird die verfügbare Randzone vergrößert, ohne dabei wesentlich mehr Fläche zu verbrauchen.

Beim energieeffizienten Hausbau wird darauf geachtet, durch die Verringerung von Randzonen (hier die Außenwände) den Wärmeverlust an die Umgebung zu minimieren. Ein Gebäude mit vielen Vorsprüngen, Erkern und Anbauten wirkt dagegen durch seine zum Volumen relativ große Oberfläche ähnlich wie Kühlrippen. Idealerweise orientiert sich die Gesamtarchitektur natürlich am Passivhaus-Standard.

In einem Fischteich zum Beispiel wird nicht nur eine Fischart aufgezogen, sondern mehrere Fischarten. Der Teich weist Zonen unterschiedlicher Tiefe und auch unterschiedlicher Bepflanzung auf. Die Raubfische werden nicht gefüttert, sondern ernähren sich von anderen Fischen. Diese finden aber für sich genügend günstige Nischen vor, sodass sie nicht aussterben. Das System reguliert sich als Ganzes weitgehend selbst. Der Mensch fischt „überschüssige“ Fische ab.

Gleichzeitig können essbare Pflanzen an dem Teichrand angebaut werden. Weitere (und zum Teil die selben) Pflanzen können ihrerseits den Pflegeaufwand des Teiches verringern (Reinigungspflanzen). Die Erhöhung der ökologischen Vielfalt sorgt für ein dynamisches Gleichgewicht, erhöht die Flexibilität und sichert kontinuierliche Erträge.

Aufbau und Pflege von Waldgärten (engl.: forest garden) in Europa basieren auf einem Konzept des Engländers Robert Hart. Im indischen Bundesstaat Kerala haben sie bereits eine Jahrhunderte alte Tradition. Dabei werden naturnahe Waldwirtschaft und umfangreiche Nahrungsproduktion miteinander kombiniert.

Ein gesundes 'Ökosystem Mischwald' besteht aus sich permanent regenerierenden Bäumen, Sträuchern, Büschen, Kräutern, Bodendeckern und Rankepflanzen. Diese Vielfalt an Vegetationsschichten unterschiedlicher Höhe gewährleistet eine optimale Lichtausbeute und stellt zahlreiche Nischen für eine Vielfalt dort lebender Tierarten bereit; hohe kontinuierliche Produktivität auf relativ kleinem Raum. Diese Beobachtung und die praktischen Erfahrungen aus Indien waren ausschlaggebend für die Entwicklung eines Waldgartenkonzeptes für das gemäßigte Klima in Mitteleuropa.

Die Skizze zeigt, wie sich ein solches Ökosystem prinzipiell mit einem gezielten Anbau unterschiedlicher essbarer Pflanzen kultivieren lässt: Walnuss- und Obstbäume in den hochgelegenen Schichten, darunter Beerensträucher und fruchttragende Büsche, und in Bodennähe unterschiedliche Kräuter bis hinab zu den Bodendeckern. In der Humusschicht lassen sich z.B. rhizombildende Gemüse anbauen. Durch eine intelligente Auswahl an kooperierenden Pflanzengesellschaften kann über mehrere Jahre hinweg ein sich tendenziell selbst erhaltender Waldgarten zur Nahrungsversorgung aufgebaut werden. Die ökologische Vielfalt sorgt für Flexibilität und Stabilität.

Waldgärten sind Beispiele für Agroforstsysteme.